Обзор генеративных подходов в дизайне лекарств
#хемоинформатика #дизайнлекарств #дизайнмолекул #denovo
Сколько сейчас генеративных методов - глаза разбегаются уже... Нужно привести в порядок. Вот Натан Браун из BenevolentAI и опубликовал обзор по различным методам de novo дизайна молекул. Мне понравилось, что он предложил классификацию генеративных методов:
- поатомные (структуры собираются из отдельных атомов, например, SMILES)
- фрагментные (то же, но из фрагментов)
- на основе реакционных правил (собирают с помощью реакций)
А методы оптимизации структуры под свойства разделил на:
- градиентные (оптимизация свойств генерируемых молекул ведется на основе знания градиента свойства, методом следования градиенту)
- безградиентные (все что не первое). Так себе разделение, ну да ладно, все же оно следует логике классификации методов оптимизации - первого или нулевого порядка.
Зато на основе этого получилась симпатичная картинка, в которой методы раскиданы по ячейкам (см. рисунок).
В общем, обзор весьма основательный, можно бегло изучить какие есть методы de novo дизайна молекул. И договориться хотя бы о части терминов. Но что важно для нас - он в open access.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1359644621002531
