ИнСилико запустил в клинические испытания лекарство от фиброза легких, созданное с использованием ИИ
#хемоинформатика #дизайнлекарств #ИИвхимии
Уже немножко боян, может, кто-то уже слышал, но времени никак не находилось написать, зато новость обросла подробностями.
Только недавно писал, что ExScientia отправила на клинические испытания 3 лекарства, которые, как они утверждают, были созданы ИИ. Тут есть конечно терминологический момент и элемент хайпа - едва ли то, что дал ИИ сразу пустили в клинику, скорее всего оптимизировали и пр... без него. Так вот, тут наши ребята из компании InSilico Medicine заявили, что они сделали новый препарат от фиброза легких с использованием ИИ и теперь пустили его в первую фазу клинических испытаний. Для нубов и репортеров было сделано красивое презентационное видео, которое детали процесса не объясняет, но позволяет насладиться картинкой, масштабом и перспективами (видео, кстати, тоже при участии ИИ сделано):
https://www.youtube.com/watch?v=I5PhN5Y7QHk
Подробности последовали в пресс-релизе https://insilico.com/blog/pcc, из которого ясно, что препарат, ISM001-055 был создан для лечения идиопатического фиброза легкого, причем биологическую мишень для этого нашли с с использованием платформы Pharma.AI, разрабатываемой InSilico. C помощью инструмента PandaOmics, которая представляет собой достаточно сложный сплав глубокого обучения, выявления сигнальных путей (детали тут - https://www.nature.com/articles/ncomms13427), они нашли 20 мишеней, которые потенциально связаны с болезнями легкого и выявили одну наиболее перспективную (видимо, экспериментально). Дальше, в системе Chemistry42 они искали активные молекулы, их подход для этого я уже описывал в группе https://vk.com/chemoinformatics?w=wall-107190233_1806. Молекула ISM001, которую нашла Chemistry42 показала наномолярную активность на биомишени. Потом ее оптимизировали для улучшения растворимости, ADME-профиля, и снижения ингибирования CYP. Более того, молекула показала активность и на других мишенях, ассоциированных с фиброзом. Иллюстративная картинка прилагается. Очень советую почитать пресс-релиз - там много интересной информации, особенно для новичка.
Утверждается, что вся разработка препарата заняла всего 18 месяцев и стоила компании ничтожные 2.6 млн $. Это, конечно, дико круто и компанию можно с этим поздравить.
Но чтоб меня не обвинили в особой любви к InSilico (которую сложно отрицать), давайте посмотрим, что говорят скептики. В статье https://www.science.org/content/blog-post/another-ai-drug-announcement Дерек Лоуэ разбирает этот кейс с попыткой понять, что там на самом деле было изобретено и как. На основе анализа патента компании 2020/0286625 A1, хотя патент о чем-то другом, не о фиброзе (может он со ссылкой ошибся?), Дерек предполагает, что той самой волшебной мишенью могла быть TRAF2 или NCK-interacting protein kinase (TNIK). Если это так, то в принципе, эта мишень известная. Известно, что она влияет на фиброз, хоть и лекарств против нее действительно не было. Дерек говорит, что он нашел в патенте упоминания молекул (я не нашел), N-cycloalkyl-4-aryl-5-(2-arylamido)-5-furanylimidazoles, которые также не выглядят как откровение против киназ, хотя конкретно, что не так, он особо не пишет. В принципе он нашел какие-то работы по близким молекулам, почему и предполагает, что система могла видеть их. Были работы по близким тематикам и, возможно, система просто зацепилась за них. Но в целом, я не могу сказать, что даже Дерек приводит серьезные аргументы против молекулы, которую сделали в InSilico. Хотя может быть на этом этапе слишком много неопределенности и написать что-то более детально и обоснованно было бы реально невозможно. Так что еще раз поздравляем!
